Năm học 2011-2012 riêng phòng Giáo dục và Đào tạo Phong Thổ đã có trên 1805 cán bộ giáo viên, công nhân viên với 65 trường học, 1053 lớp và 18479 học sinh. Trong đó có 30 cán bộ quản lý cấp phòng, 19 trường THCS, 25 trường Tiểu Học, 21 trường Mầm Non.

     Là huyện vùng cao biên giới có 18 xã - thị trấn, trong đó có 13 xã giáp biên với Trung Quốc. Là nơi sinh sống hội tụ của 8 dân tộc anh em, đời sống kinh tế của nhân dân còn nhiều khó khăn có 15/18 xã là xã thuộc chương trình 135 của chính phủ. Địa hình phức tạp giao thông đi lại khó khăn, cơ sở vật chất trường lớp học vẫn còn tạm bợ.Năm học 2009-2010 huyện đã được công nhận hoàn thành Phổ cập tiểu học đúng độ tuổi và Phổ cập giáo dục THCS. Đến nay đã có 3 đơn vị trường trong huyện được công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia.