Ngày 12/07/1907, Pháp thành lập tỉnh Lào Cai, Phong Thổ là đại lý của tỉnh Lào Cai.

       Tháng 11/1946, Phong Thổ trở thành huyện của tỉnh Lào Cai.

      Ngày 7/05/1955, khu tự trị Thái Mèo được thành lập, huyện Phong Thổ của tỉnh Lào Cai chuyển sang khu tự trị Thái Mèo (sau này thuộc tỉnh Lai Châu).

     Từ ngày 14/1/2002, Phong Thổ được chia thành 2 huyện Tam Đường và Phong Thổ ngày nay.

     Năm 2004, Toàn bộ thị trấn Phong Thổ (cũ) của huyện Phong Thổ được chuyển thành một phần của thị xã Lai Châu mới.

     Ngày 27/12/2006, Chính phủ ban hành Nghị định số 156/2006/NĐ-CP về việc điều chỉnh địa giới hành chính, Phong Thổ được điều chỉnh  thêm 500 ha diện tích tự nhiên và 140 nhân khẩu của xã Huổi Luông về thị trấn Phong Thổ (mới) thuộc huyện Phong Thổ quản lý.